Tras la Campaña de Filipinas (1941-1942) se inició la ocupación japonesa de Filipinas, durante la cual Yldefonso fue detenido.
Sus restos no han sido nunca recuperados.
Participó, con 25 años, en los Juegos Olímpicos de 1928 realizados en Ámsterdam (Países Bajos), donde consiguió ganar la medalla de bronce en la prueba de los 200 metros braza, convirtiéndose en el primer deportista filipino en conseguir una medalla olímpica.
consiguió revalidar esta medalla, convirtiéndose hasta el momento en el único filipino en conseguir más de una medalla olímpica.
En los Juegos Olímpicos de 1936 realizados en Berlín (Alemania nazi) finalizó séptimo en esta misma prueba.