La GPT sustituye al Master Boot Record (MBR) usado con el BIOS.
Mientras que el MBR comienza con el código de arranque maestro (Master Boot Code), que contienen un binario ejecutable que identifica la partición activa e inicia el proceso de arranque, la GPT se basa en las capacidades extendidas del EFI para estos procesos.
GPT usa un moderno modo de direccionamiento lógico (LBA, logical block addressing) en lugar del modelo cilindro-cabeza-sector (CHS) usado con el MBR.
En los sistemas operativos Windows de 64-bits, 16.384 bytes, o lo que es lo mismo, 32 sectores, están reservados para la GPT, dejando el bloque LBA 34 como el primer sector usable del disco.
La cabecera contiene el GUID del disco (Globally Unique Identifier, Identificador Global Único).
En este caso, el EFI sobrescribiría la GPT primaria con la secundaria, o, si ambas copias contuviesen una suma de comprobación inválida, no podría acceder al disco.
También se reserva un espacio para los nombres de las particiones y otros atributos.