En 1817 fue enviado, con dos compañeros William Hutchison y Henry Tedlie, a Kumasi, en una misión al reino de Ashanti, y gracias principalmente a su hábil diplomacia, la misión tuvo éxito en su objetivo de asegurar el control británico sobre los indígenas de la costa.
Bowdich atacó públicamente la gestión del comité africano, y sus críticas fueron fundamentales para que el gobierno británico asumiese el control directo de la Costa de Oro.
Durante su estancia en Francia publicó diversas obras sobre África, y también escribió documentos académicos.
En 1822, acompañado por su esposa Sarah, se fue a Lisboa donde, a través de un estudio de los MSS históricos, publicó An Account of the Discoveries of the Portuguese in .
Su viuda publicó un relato de su último viaje, titulado Excursions in Madeira and Porto Santo .