[6] La especie S. unirufa fue descrita por primera vez por el naturalista francés Frédéric de Lafresnaye en 1843 bajo el nombre científico Synnalaxis [error] unirufus; su localidad tipo es: «Colombia = "Bogotá"».[5] El nombre genérico femenino «Synallaxis» puede derivar del griego «συναλλαξις sunallaxis, συναλλαξεως sunallaxeōs»: intercambio; tal vez porque el creador del género, Vieillot, pensó que dos ejemplares de características semejantes del género podrían ser macho y hembra de la misma especie, o entonces, en alusión a las características diferentes que garantizan la separación genérica;[7] una acepción diferente sería que deriva del nombre griego «Synalasis», una de las ninfas griegas Ionides.[9] Los datos genético-moleculares indican que esta especie es hermana de Synallaxis castanea y que el par formado por ambas puede estar más próximo a Synallaxis fuscorufa;[10] las tres han sido consideradas conespecíficas algunas veces, pero las diferencias vocales substanciales documentadas y los ensayos de playback recíproco revelan una pronunciada discriminación vocal.Una población en Cajamarca (norte de Perú), más apagada y menos rufa que las otras, podría representar una subespecie no descrita.[5] Según las clasificaciones del Congreso Ornitológico Internacional (IOC)[11] y Clements Checklist/eBird v.2019[12] se reconocen cuatro subespecies, con su correspondiente distribución geográfica:[5]
