[8]​ La especie S. scutata fue descrita originalmente por el zoólogo británico Philip Lutley Sclater en el año 1859, bajo el mismo nombre científico.

[5]​ El nombre genérico femenino «Synallaxis» puede derivar del griego «συναλλαξις sunallaxis, συναλλαξεως sunallaxeōs»: intercambio; tal vez porque el creador del género, Vieillot, pensó que dos ejemplares de características semejantes del género podrían ser macho y hembra de la misma especie, o entonces, en alusión a las características diferentes que garantizan la separación genérica;[9]​ una acepción diferente sería que deriva del nombre griego «Synalasis», una de las ninfas griegas Ionides.

Los datos genético-moleculares indican que esta especie es hermana de Synallaxis cinerascens.

[12]​ La subespecie S. c. whitii es más oscura, pero puede ser una variación clinal desde el noreste al sudoeste.

[5]​[13]​ Según la clasificación Clements Checklist/eBird v.2019[14]​ se reconocen tres subespecies, con su correspondiente distribución geográfica:[5]​