La Superliga de Eslovaquia 1999/00 fue la séptima edición de la Superliga eslovaca de fútbol.
Participaron 16 equipos, y el Inter Bratislava ganó su primer campeonato.
El goleador fue Szilárd Németh, del equipo campeón.
PJ = Partidos jugados; PG = Partidos ganados; PE = Partidos empatados; PP = Partidos perdidos; GF = Goles a favor; GC = Goles en contra; DG = Diferencia de gol; Pts = Puntos