Su misión es proponer para el ministro de Defensa Nacional, la política de defensa, la política militar y la planificación primaria de la defensa.

Asimismo, impulsar y coordinar las relaciones internacionales de la defensa; realizar los procesos de evaluación y seguimiento de los proyectos del sector, e incentivar el desarrollo tecnológico aplicable a la defensa y supervisar las industrias públicas sectoriales.

[2]​ Todo lo anterior, mediante el estudio, análisis y preparación de información especializada, para asegurar al país un eficiente sistema de defensa.

[2]​ Desde el 16 de agosto de 2023 el subsecretario respectivo es Ricardo Montero Allende, actuando bajo el gobierno de Gabriel Boric.

[3]​ Fue creada durante el primer gobierno de Michelle Bachelet, mediante la ley n.º 20.424 del 4 de febrero de 2010, junto con la Subsecretaría para las Fuerzas Armadas.