Fue fichado por el equipo de fútbol inglés Newcastle en 1993, proveniente del Seaham Red Star FC, club donde inició su carrera.
En 2002 apareció en varios partidos de la UEFA Champions League, donde Harper salió como titular ante la Juventus donde logró mantener la valla invicta y conservar la victoria por la mínima diferencia a favor del equipo inglés que sirvió para lograr el pase a la siguiente ronda.
En 2006 volvió a expresarle a los directivos y cuerpo técnico que quería un lugar en el primer equipo, y el gerente Glenn Roeder al ver el descontento del jugador con el equipo, le convenció para que se quedara en el club.
Harper pudo ser por fin el primer portero del equipo, algo que había buscado durante casi más de 16 años.
Regresó tres meses después y estuvo en el banquillo durante el debut del nuevo entrenador, Alan Pardew.
El 15 de julio se conoció que Harper sería nuevo portero del Hull City durante una temporada.