Jugó su última temporada en el club galés para los Llanelli Scarlets, del lado de Llanelli en la nueva reorganización regional galesa (de cara a su participación en la liga Celta, Gales se vio obligada a crear regiones).
En su carrera en la máxima categoría galesa, jugó más de 200 partidos y marcó al menos 2.000 puntos.
En 2004, Stephen Jones cruza el Canal de la Mancha y se une al potente club francés del Clermont Montferrand-Auvergne.
Sin embargo, dos años más tarde dejó Clermont y volvió a jugar con los Scarlets en el año 2006.
Stephen Jones ha terminado con la especulación sobre su futuro firmando un nuevo contrato que le vinculará con Llanelli Scarlets durante tres años más.
En la designación de Jones, Jenkins dijo: "Stephen has all the attributes to make a magnificent captain of his country.