Mientras tanto, el equipo Star Fox (Fox McCloud, Slippy Toad y Peppy Hare) recibe una misión por parte del General Pepper, que les dice que algunas de las partes del planeta Sauria se han apartado de este y esto puede ser potencialmente peligroso para Corneria.

Al llegar a la parte superior del palacio este conoce por primera vez a Krystal, quien esta atrapada en el enorme cristal y básicamente se mantiene inconsciente, en ese momento Fox con solo verla cae rápidamente enamorado de su belleza, aunque su pequeño encuentro pronto es interrumpido por una transmisión de Peppy, quien le menciona que deje de estar holgazaneando y se apresure a completar la misión, por lo que Fox decide concentrarse nuevamente, no sin antes verla una vez más y prometerle que la rescatara pronto.

Al liberar el segundo espíritu Krazoa este rápidamente es regresado a Thorntail Hollow y encuentra al siguiente guardián en Cape Claw, se trata de la Reina CloudRunner, gracias a ella, Fox obtiene el acceso a la Fortaleza CloudRunner donde se encuentra con el General Scales y tras un pequeño combate Fox es emboscado y derrotado (lo que le permite a Scales escapar), más tarde Fox aparece estando encerrado en una prisión sin el báculo de Krystal, por lo que se ve en la necesidad de salir para recuperarlo sin ser descubierto por los guardias, posteriormente Slippy lo contacta para informarle que le ha enviado un programa a su brazalete el cual le permite convertirse en uno de los guardias Sharpclaw para pasar desapercibido, donde momentos después se acerca al guardia Sharpclaw que estaba casi dormido y donde este lo confunde con su cambio de turno y se retira del lugar fácilmente, lo que le permite a Fox recuperar el báculo y continuar con su misión.

Posteriormente, Fox se dirigiría al Palacio Krazoa, allí tiene un pequeño enfrentamiento con Scales, luego de esto Fox dejaría al espíritu Krazoa con lo que Krystal sería liberada y recuperaría su báculo, ambos se percatarían que el verdadero oponente no era el General Scales sino que siempre había sido un Andross resucitado, Fox aborda su Arwing y parte para hacerle frente de nuevo al malvado asesino de su padre.

En Star Fox Adventures hay dos diferentes sistemas de juego dependiendo la situación en la que se encuentre el jugador.

En las misiones de este tipo solo hay que seguir un camino predeterminado directo hasta el final del nivel.

Los gatekeepers o guardianes son cuatro individuos cuya misión es proteger determinadas áreas del planeta y pueden permitir el pase a estas.

Existen diversas tribus de dinosaurios habitando el planeta Sauria, cada una con costumbres y apariencia definida; las tribus que aparecen son las siguientes: Los vehículos que aparecen en el juego son los siguientes: En determinados momentos del juego, Fox podrá montar algunos dinosaurios para utilizarlos a manera de transporte.