Es la única especie de pingüino que vive en libertad al norte del ecuador.

El 95% de los ejemplares del pingüino de Galápagos habita en las islas Isabela, y Fernandina, en la parte occidental del archipiélago, con el 5% restante en las islas Bartolomé, Santiago, Floreana, y Logie.

Especímenes divagantes han podido apreciarse ocasionalmente en las costas continentales de Ecuador, en Isla Gorgona y en Panamá Esta especie vive en las grutas costeras cercanas al océano, buscando temperaturas templadas.

Uno de ellos es estirar sus aletas y doblar la espalda hacia adelante para evitar que el sol toque sus pies, ya que pueden eliminar calor a través de sus aletas gracias al flujo sanguíneo en estas últimas.

Cuando están en el agua, son presa de los tiburones, focas y leones marinos.

Además, son otros factores la escasez de alimento y la endogamia.

[3]​ No anida en colonias, sino en pequeños grupos de dos o tres parejas.

Ponen uno o dos huevos en lugares como cuevas y grietas, protegidos de la luz solar directa que puede provocar su sobrecalentamiento.

Uno de los padres siempre se quedará con los huevos o con las crías mientras que el otro está ausente durante varios días para buscar comida.

Estas plumas protegen a los polluelos del fuerte sol en lugar de mantenerlos calientes.

En el agua, son presa de tiburones, focas y leones marinos.