Este era un juego de plataformas, cuyos gráficos eran pseudo-3D, daban la oportunidad al jugador para participar como Sonic o como Knuckles el Equidna, siendo la primera vez que Knuckles podía ser seleccionado para jugar en la portátil de SEGA.

Sonic y Knuckles se encuentran a su paso por cada fase con algunos tipos de enemigos, conocidos como Badniks.

Los Badniks son los robots que funcionan gracias al movimiento de animales atrapados en su interior, los cuales han sido capturados por el Doctor Robotnik, y los hay de tres tipos: Voladores, terrestres y acuáticos.

Sonic o Knuckles pueden destruirlos usando el salto, ya que, al saltar van rodando sobre sí mismos, comportándose como un arma letal contra los Badniks, aunque también pueden usar el Spin Dash (antes de empezar a rodar, cogen impulso dando vueltas a sí mismo en una posición estática).

Pero, si tiene aunque sea uno, Sonic o Knuckles no mueren, simplemente, pierde los anillos obtenidos hasta el momento en todos los actos.

Esta vez, la zona cuenta con las típicas Palmeras cocotero y flores silvestres poblando el área, pero cambiando la superficie del Suelo, que pasa a ser de arena con leves vegetaciones.

Se asemeja mucho a "Emerald Hill Zone" de "Sonic 2" de Megadrive ya que aquí aparecen los mismos badniks que en aquella (Monos Mecánicos en Cocoteros, Pirañas Robóticas y Avispas Robotizadas).

También se adentra en grutas acuáticas, que recuerdan a "Acuatic Ruin Zone", sumergidas bajo el agua.

Un vasto y extenso Desierto, muy similar a "Sandopolis Zone" de "Sonic 3", aunque este parece ser mucho menos caluroso que aquel.

También aparecen en el fondo pequeños oasis paradisíacos, con sus respectivos estanques de agua cristalina.

El Spin Dash será necesario sobre una serie de elevadores con rodillos, para poder atravesar la gruta.

Durante el combate, Sonic o Knuckles tienen bajo sus pies una plataforma que les impide caer al vacío.

En el Acto 3, Robotnik ataca en un gran Submarino metálico que lanza harpones al protagonista.

Una burbuja aparecerá cada vez que un arpón del Doctor impacte contra el suelo.

Sonic o Knuckles se encuentran encerrados en la parte inferior, sin posibilidad de alcanzar al doctor ya que están rodeados por una cristaleda invisible, y sobre un rotor giratorio.

Robotnik ataca al protagonista, lanzando láseres azules que causan un gran daño.

La batalla se sitúa a pantalla partida entre la zona superior e inferior de la maquinaria.

Tras 6 impactos, la parte inferior comenzará a girar sobre sí misma, haciendo más difícil el combate.

Con otros 6 impactos, la nave será destruida y Sonic o Knuckles accederán al Final Bueno Secreto del Juego.

Las Zonas Especiales son muy parecidas en forma y diseño a las aparecidas en Sonic 3, aunque el movimiento de los personajes queda limitado al Salto y desplazamiento lateral a izquierda o derecha solamente: Sonic o Knuckles se sitúan en un suelo de forma esférica y con diseño 3D que va rotando conforme avanzan y que se halla decorado con un mosaico de cuadrados bicolores, con un cielo en el que sus Nubes también se mueven con el movimiento del personaje.