Luego montó una campaña social conocida como De-Sukarnoisación para reducir la influencia del expresidente.

[13]​ Bajo su administración de «Nuevo Orden», Suharto construyó un gobierno fuerte, centralizado y dominado por los militares.

[14]​[15]​ Durante su mandato se cometieron graves y diversas violaciones de los derechos humanos.

Se hizo ampliamente conocido por su ataque sorpresa a las tropas neerlandesas en Yogyakarta, su ciudad natal.

En los años posteriores, Suharto formó parte del Ejército indonesio, estacionado principalmente en la isla de Java.

Hacia el año 1965, las fuerzas armadas se dividen en dos facciones, una izquierdista, con grandes simpatías hacia el Partido Comunista de Indonesia (PKI), y la otra derechista, con Suharto en la segunda facción y apoyada por los Estados Unidos.

Los Estados Unidos, interesados en evitar un acercamiento con China, autorizaron a Suharto para invadir e incorporarse el nuevo territorio.

[Nota 1]​ Mediante esta, Suharto estableció a lo que dio el nombre de "Nuevo Orden" (Orde Baru en bahasa indonesia).

Suharto consolidó su poder proscribiendo al Partido Comunista de Indonesia (PKI), depurando el Parlamento y el gabinete de miembros leales a Sukarno, eliminando sindicatos independientes y estableciendo la censura en la prensa.

Asimismo, afirman que las acciones de Suharto entre 1965 y 1967 fueron motivadas únicamente por ambición personal.

Indonesia bajo Suharto tenía poca tolerancia con la disidencia, y generalmente se la conoce como falta de derechos humanos.

El actuó celosamente en la afirmación y en hacer cumplir intereses territoriales en la región, tanto por la diplomacia como por la acción militar.

En 1969 Suharto tomó la iniciativa de terminar la larga controversia sobre el último territorio neerlandés en las indias orientales, Papúa Occidental.

Se estima que el ejército indonesio mató unas 100.000 personas, aproximadamente un tercio de la población local.

Suharto autorizó rápidamente que las tropas sofocaran la rebelión, forzando a varios de sus líderes al exilio en Suecia.

El paso rápido de este desarrollo había aumentado mucho la densidad poblacional.

En un compromiso político con los poderosos militares, prohibió a sus miembros votar en las elecciones, pero asignó 100 puestos en el colegio electoral para sus representantes.

Como resultado, él ganó todas las elecciones a las que se presentó, en 1978, 1983, 1988, 1993 y 1998.

La prensa indonesia censuró las noticias y el gobierno puso restricciones a los signatarios.

La facción Suryadi prosiguió con el despido de Megawati y las protestas se hicieron ver en toda Indonesia.

El 26 de julio, oficiales militares, la facción Suryadi y Suharto hicieron conocer públicamente su indignación con los foros (Aspinall, 1996).

El 27 de julio, la policía, soldados y personas que afirmaban ser partidarias Suryadi tomaron la sede.

Este día se conocería como el "sábado negro" y marcaría el inicio de una dura persecución del gobierno del Nuevo Orden contra partidarios de la democracia, ahora denominados "Reformasi" o Reformación (Amnistía Internacional, 1996).

Suharto fue sometido a escrutinio por instituciones de crédito, principalmente el Banco Mundial, el Fondo Monetario Internacional y los Estados Unidos, por prolongadas malversaciones de fondos y medidas proteccionistas.

Esto desató protestas y disturbios en todo el país, ahora conocidos como la Revolución Indonesia de 1998.

Pero en septiembre los médicos designados por la justicia anunciaron que no podía ser juzgado por su estado de salud en deterioro.

El Estado volvió a intentarlo en 2002 pero de nuevo los médicos alegaron una enfermedad cerebral sin especificar.

Posteriormente Suharto fue hospitalizado varias veces por ataques cerebrovasculares y problemas del corazón.

Tommy Suharto sostiene su inocencia pero dice que no apelará el veredicto o la sentencia.

Al funeral asistieron numerosos representantes del gobierno y de las fuerzas armadas.