La aerolínea fue creada en 1992 como LatCharter Airlines por cuatro pilotos profesionales y un ingeniero experimentado.
Después de cooperar con Latcharter, arrendándole sus A320-200 sin tripulación, la aerolínea islandesa Loftleiðir, parte del Icelandair Group, adquirió LatCharter en julio de 2006.
La propiedad cambió en 2012, cuando la gestora de SmartLynx adquirió la compañía.
Aunque la cooperación con Loftleiðir permanece, SmartLynx es, desde entonces, una entidad independiente.
Ese mismo año, SmartLynx amplió sus operaciones charter a Tallin, Estonia, y estableció una subsidiaria SmartLynx Airlines Estonia.