Traslocación de grupo PEP

Luego de la traslocación, los metabolitos transportados son químicamente modificados.

Los azúcares utilizados por el sistema PTS pueden variar entre diferentes grupos de bacterias, reflejando la fuente de carbono más disponible en el ambiente donde cada grupo se encuentra.

[2]​[3]​ En el mecanismo dependiente de PEP, el grupo fosforilo del PEP es eventualmente transferido al azúcar importada por medio de un mecanismo que involucra varias proteínas.

[3]​ La proteína Hpr es común a los sistemas fosfotransferasa de otros sustratos mencionados anteriormente, como así también la EI, mientras que las proteínas corriente abajo de la Hpr tienden a variar entre diferentes azúcares.

Cuando los niveles de glucosa son altos, EIIA se encuentra principalmente desfosforiladas y esto inhibe a la adenilato ciclasa, glicerol quinasa, lactosa permeasa y maltosa permeasa.