En 1610, cuando los arminianos presentaron el famoso manifiesto de cinco puntos, Remonstrance, él llegó a ser pastor en Bleyswick, una pequeña población cerca de Róterdam.Episcopius fue escogido como portavoz por los trece representantes arminianos que acudirían al sínodo, pero éste rehusó escucharlo cuando no se sometió al orden de discusión, que le imponía en primer lugar presentar los textos bíblicos que sustentaban su opinión.En (1625) tras la muerte del Estatúder Mauricio de Nassau, cesó la persecución contra los arminianos en Holanda, y Episcopius pudo regresar a su patria en 1626.Además de controvertir las doctrinas peculiares del calvinismo, como la doble predestinación, Episcopius enfatizó en el hecho de que el cristianismo implica más un cambio verdadero en el corazón, la mentalidad y la vida personal que un sistema intelectual de creencias y dogmas.Las principales obras de Episcopius fueron Confessio declaratio sententiae pastorum gui in foederato Beiglo Remonstrantes vocantur super praecipuis artscuf is religionis Christianae (1621); Apologia per confessione (1629); Verus theologus remonstrans; y las inacabadas Institutiones theologicae.
