La Guerra contra la Convención le dio la oportunidad de tener nuevos cargos y cada vez más poder.
Abanderó los intereses de algunos nobles rurales vicaínos que fue conocido como partido zamacolista y que tenía intereses contrarios a los nobles asentados en Bilbao, e intrigó en la corte madrileña (para lo que dio grandes donativos) para que Manuel Godoy fuera favorable a su pretensión de construir un nuevo puerto marítimo en Abando (al que llamó Puerto de la Paz en honor del Príncipe de la Paz, título de Godoy) cuyos beneficios fueran para toda Vizcaya y no solo para la villa de Bilbao.
Esto fue autorizado por la corona en 1804 y aprobado por las Juntas Generales, a cambio de que se reformaran las milicias forales para integrar sus efectivos en el ejército real (hasta entonces los vizcaínos solo tenían milicias locales con sus propios mandos, no vestían el uniforme del rey y solo se ocupaban de la defensa de su territorio).
Estas condiciones fueron consideradas inaceptables por Bilbao y sus localidades cercanas, estalló un motín popular (conocido como la zamacolada) y Zamácola debió huir a Navarra.
El juez comisionado Francisco Javier Durán impuso elevadas multas a las localidades rebeldes y condenó a 367 hombres y 17 mujeres a multas de hasta 6000 ducados, penas de destierro, prisión de hasta 8 años y servicio en el ejército real.