El emperador de todos los males: Una biografía del Cáncer fue un gran avance en su carrera.

En 2016, Mukherjee publicó El gen: una historia íntima que relata la historia del gen y una respuesta a la pregunta definitoria del futuro: ¿Qué es ser humano cuando aprendemos a "leer" y "escribir" nuestra propia información genética?

Mukherjee ganó una beca Rhodes para investigación doctoral en Magdalen College, Universidad de Oxford.

en 1997 para su tesis titulada The processing and presentation of viral antigens degree in 1997 for research on viral antigens as a postgraduate student of Magdalen College, Oxford.

De 2003 a 2006 se formó en oncología como becario en el Dana-Farber Cancer Institute (bajo la Harvard Medical School) en Boston, Massachusetts.

El laboratorio también ha identificado mutaciones genéticas novedosas en la mielodisplasia y la leucemia mielógena aguda y ha desempeñado un papel de liderazgo en la búsqueda de terapias para estas enfermedades en el ámbito clínico.

[8]​[9]​ Mukherjee ha publicado extensamente en revistas científicas revisadas por pares, incluyendo artículos en Nature, Neuron, the Journal of Clinical Investigation, The New England Journal of Medicine y otros.

[10]​[11]​ En 2010, Simon & Schuster publicó su libro, El emperador de todos los males: Una biografía del Cáncer, que detalla la evolución del diagnóstico y tratamiento de los cánceres humanos desde el antiguo Egipto hasta los últimos desarrollos en quimioterapia y terapia dirigida.

Mukherjee también recibió el premio PEN-E O. Wilson Literary Science Writing Award en 2011.

El Gene fue preseleccionado para el Royal Society Insight Investment Science Book Prize 2016,"el premio Nobel de escritura científica"... [15]​ En su artículo de 2016 Lo mismo pero diferente en The New Yorker, Mukherjee atribuyó las funciones genéticas más importantes a factores epigenéticos (como la modificación de histonas y la metilación del ADN).

Explica que le dio una analogía de su madre y su hermana gemela:

El artículo, un extracto del capítulo "The First Derivative of Identity" de su libro The Gene: An Intimate History, fue criticado por genetistas como Mark Ptashne, en el Memorial Sloan Kettering Cancer Center, y John Greally, en el Albert Einstein College of Medicine, por su énfasis excesivo en la modificación de histonas y la metilación del ADN, pasando por alto otros factores importantes.

Pero Darwin no tenía ni idea del gen, cuyo concepto se estableció solo en el siglo XX.