El shōnen-ai suele ser considerado un subgénero del shōjo porque, inicialmente fue desarrollado para el público femenino por abordar temas más sentimentales y menos sexuales que el yaoi.
El shōnen-ai al igual que el Bishōnen-ai son subgéneros del manga shōjo, dirigido a chicas jóvenes.
Se caracteriza por solo exponer demostraciones de afecto verbales y corporales mínimas, es decir, que no llegan a lo sexual, centrándose más en la temática romántica e inocente.
Pero, mientras que la historia del shōnen-ai se centra en la relación entre los personajes principales, el bishōnen-ai pone la temática homosexual en segundo plano.
Al igual que el shōjo-ai, el shōnen-ai se centra principalmente en las emociones de los personajes, generándose comúnmente relaciones dramáticas, aunque no siempre es el caso.