En el Japón actual, después de que intentan matarlo, Ittoki Sakaruba se entera de que es un descendiente directo y heredero legítimo del clan ninja Iga.
Su madre lo envía a la Academia de Ninjutsu, la única escuela ninja nacional de Japón, para que estudie y se entrene como ninja mientras se realizan investigaciones para descubrir quién intenta matarlo y por qué.
En la escuela, Ittoki se involucra con sus nuevos compañeros de clase, que incluyen algunas jóvenes ninja hermosas pero mortales, pero el peligro siempre está presente... especialmente cuando hay un presunto traidor dentro de la escuela.
Es reacio a convertirse en el próximo jefe de su clan, pero se ve obligado a aceptar la realidad cuando se ve envuelto en la guerra entre su clan y Koga.
Al finalizar la guerra, Ittoki y Kosetsu deciden seguir una vida normal.
Aunque se desconocen sus orígenes, usa una máscara facial que probablemente oculta una cicatriz debajo.
Aunque no nació en una familia ninja, su prudencia y coraje frente a la muerte le han valido el respeto de toda la Aldea Iga.
Ella pertenece a la aldea Saika que ya está en peligro de desaparecer, su aldea alguna vez fue conocida como el centro tecnológico del ninjitsu, donde durante su apogeo era un lugar para la tecnología del ninjitsu.
Después de que él escapa y arrestan a Satomi, ella se suicida tras las rejas.
Finalmente se revela que fue manipulada por los ninjas Koga por un chip implantado en su cráneo.
Al enterarse de que Kidou fue el responsable del asesinato de Kishinmaru, Suzaku se alía con Ittoki y se enfrenta a los ninja Koga que eran leales a Kidou, donde resulta gravemente herido.
Años después, Suzaku se convierte en el nuevo jefe del clan Koga y hace las paces con Iga.
Nacido con deficiencias físicas, Kidō no pudo servir como Ninja, siendo obligado a someterse a varios procedimientos médicos que buscaban aumentar sus habilidades físicas, los cuales terminaron en fracaso y lo dejaron marcado de por vida, ya que siempre recordaría el dolor que sintió, el cual se acentuó más con el nacimiento de su hermano más exitoso Kishinmaru.
Sin embargo, Kidou admite que solo quiere destruir a todos los ninjas por su propio capricho y por el bien del poder.