El juego se controla principalmente con botones, pero hay minijuegos que utilizan la pantalla táctil.
La historia del juego comienza en el año 1256, Kencho Era Japón, donde se convoca al joven líder del clan Oboro, Jiro Musashi (padre de Joe Musashi, el personaje principal de los juegos originales Arcade y Sega Genesis Shinobi).
Después de aterrizar en la Tierra, Jiro camina hacia el horizonte, presumiblemente para reiniciar el Clan Ninja Oboro nuevamente.
[9] Sin embargo, GamesTM fue más crítico con Shinobi 3D, juzgando la "dificultad antipática" del juego como "barata y arcaica en el contexto de una acción laboriosa".
[10] Según Eurogamer: "Llamar a esto un mal juego sería tremendamente injusto, pero no es nada excepcional.