El juego se divide en cuatro "Libros" que pueden ser jugados en forma secuencial o por separado.
Los libros tercero y cuarto contienen historias exclusivas de Shining Force CD.
El jugador controla a Nick, un visitante que va a Guardiana (mal traducido como “Gardiana” en Shining Force CD), que es elegido para ser el nuevo líder del “equipo de la luz” (“Shining Force”) de Guardiana.
Para probar si es digno de la corona, el Príncipe Nick deberá rescatar a la reina perdida.
El libro 3 toma lugar pocos meses después de Shining Force: The Sword of Hajya, y es su secuela directa, incluyendo a todos los personajes jugables de los Gaiden I y II, como la Princesa Anri, personaje surgido en Shining Force.
En el primer Gaiden, el Príncipe Nick mata al rey de Cypress, su tío Edmond; en el libro 3 de Shining Force CD, Nick toma la corona y se convierte en rey.