Al igual que los demás Shinigamis del Gotei 13, Yamamoto viste el shikakushō negro, en su caso sin ninguna customización.
En algún punto del tiempo 2000 años atrás, Yamamoto formaba parte la escuela Genji como uno de sus instructores.
En una pelea, Sasakibe consigue herir con su bankai a Yamamoto, dejándole la segunda cicatriz con la que se haría conocido años después.
El anciano Comandante aparece en la primera reunión de Capitanes para pedirle explicaciones a Gin Ichimaru por no acabar con los intrusos liderados por Ichigo Kurosaki en el Rukongai, no obstante la alarma se dispara y la reunión termina.
Sin embargo Ichigo Kurosaki, en colaboración con Renji Abarai, la rescata, además Shunsui Kyōraku y Jūshirō Ukitake destruyen la Doble Hoja.
La superioridad de Yamamoto es evidente pero cuando Sōsuke Aizen hace su movimiento y descubre su plan para extraer el Hōgyoku todos los shinigamis se unen en su contra.
Los Capitanes planean concentrarse en Sōsuke Aizen una vez hayan acabado con los Espada, para ello Yamamoto libera su shikai y utiliza su técnica Jōkakū Enjō para aislar a Aizen, Gin Ichimaru y Kaname Tōsen.
No obstante el Comandante Yamamoto ya ha enviado allí a Shūhei Hisagi, Ikkaku Madarame, Yumichika Ayasegawa e Iduru Kira.
Yamamoto proclama entonces que la verdadera batalla comienza, cuando varios Subcapitanes caen ante la criatura creada por la Fracción de Harribel llamada Allon, el Comandante Yamamoto entra en acción acabando con la criatura y con sus tres invocadoras de un solo golpe usando a Ryūjin Jakka, lo que hace que la Tercera Espada lo fije como objetivo una vez acabe con Tōshirō Hitsugaya.
Yamamoto se prepara para pelear con Aizen, sin embargo, este le recuerda las funciones por las que Wonderweiss fue creado y Yamamoto se da cuenta de que todas sus llamas estaban selladas en el interior del Arrancar.
Yamamoto consigue detener a tiempo la poderosísima explosión de Wonderweiss, pero queda gravemente herido y agotado.
En dicha audiencia están presentes todos los capitanes (se revela que Kensei Muguruma, Rojuro Otorobashi y Hirako Shinji vuelven a ser Capitanes pese a ser Vizards, excepto Love Aikawa) menos Ukitake y Mayuri.
Estos se autoproclaman como el Wandenreich y afirman que invadirán la Sociedad de Almas en 5 días.
En el transcurso de la conversación, en la sala irrumpe Sasakibe siendo atravesado por una Heilig Pfeil, Yamamoto se enfurece y arremete contra los enmascarados; pero estos escapan a tiempo usando una sombra.
En una charla privada que mantiene con Mayuri, éste le dice que había ordenado matar a 28000 habitantes del Rukongai para equilibrar el balance de almas entre el Mundo Real y la Sociedad de Almas.
Tras recibir unas cuantas descargas, Yamamoto afirma que el poder del Bankai había sido mucho más fuerte en manos de Sasakibe y mata a Driscoll.
Yamamoto llega hasta donde se encuentra el líder del Vandenreich, que en ese momento había derrotado a Kenpachi Zaraki (quien por su cuenta había asesinado a 3 Sternritter sin problemas), y revela su nombre: Juha Bach.
En ese momento intervienen los Sternritter U ("The Underbelly" NaNaNa Najahkoop), F ("The Fear" Äs Nodt) y el Sternritter H ("The Heat" Bazz-B) diciendo que Yamamoto había sido muy valiente y muy estúpido por atacar solo a su líder; Yamamoto se libra de ellos rápidamente y Yhwach los menosprecia por entrometerse en su pelea.
En ese momento, Yamamoto le dice que para robar un Bankai era necesario haber tenido información de él y conocer sus límites, y que por eso tanto él como Ichigo suponían una amenaza para el Wandenreich (porque poseían Bankais cuyos límites eran desconocidos para los Quincys, Ichigo por haberlo adquirido recientemente y Yamamoto por haber ampliado la extensión de su propio poder después de 1000 años).
Después le pregunta con sarcasmo a Yamamoto si de verdad había usado todo su poder contra su "yo falso".
Yamamoto realiza un ataque a la desesperada, pero Yhwach alza su espada al cielo y traza un enorme arco espiritual del que cae una Heilig Pfeil gigante.
Tras ese recuerdo, la mitad superior de su cuerpo cae al suelo, el Capitán Comandante ha muerto.
Sin embargo, todo cambió con la muerte de los Quincy, Yamamoto adquirió cosas qué proteger y el Gotei 13 se convirtió en un rebaño de cobardes que dudaban por su absurdo sentido del deber y la responsabilidad.
Yhwach le dice una última cosa: la Sociedad de Almas iba a ser destruida, pero las 13 Divisiones ya habían muerto 1000 años antes juntos con ellos (los Quincy).
Kensei Muguruma empieza a discutir con Suì-Fēng sobre que se estaba poniendo en ridículo, y ésta contraataca agregando que Kensei se alegra de la muerte de Yamamoto, ofediendo a este.
Desde entonces, no se ha hecho más mención de Yamamoto excepto para ver que Kyoraku es elegido como su sucesor por la Central 46; y Komamura decide adquirir un poder especial de su clan para vengarle y matar a Juha Bach.
El anciano general del Gotei 13 es un experimentado maestro del Shunpō y su dominio sobre esta técnica es tal que, como se pudo ver en la saga de la sociedad de almas, superó sin problemas a sus dos alumnos más aventajados y más aún, pudo darse el lujo de esperarlos sentado mientras llegaban al lugar donde iban a luchar.
El comando para su liberación inicial es Banshō Issai Kaijin To Nase (万象一切灰燼と為せ, Reduce toda creación a cenizas?
No obstante, y pese a su inconmensurable poder destructivo, las llamas de Ryūjin Jakka pueden ser controladas con gran precisión por Yamamoto, que puede dirigirlas hacia un solo objetivo en concreto, e incluso modular su intensidad.
Cuando el Bankai es liberado, toda su espada adquiere un aspecto similar a como si estuviera completamente quemada.