El género fue nombrado por 2008 Lü Junchang, David Unwin, Xu Li y Zhang Xingliao.

El nombre del género se deriva del término Shenzhou, un antiguo nombre de China, que significa "la tierra divina", y el griego latinizado pteron, "ala".

El nombre científico de la especie se refiere a Chaoyang.

Shenzhoupterus carecía de dientes, y tenía una cresta en su cráneo que se arqueaba sobre los ojos y terminaba en una pequeña punta dirigida hacia la parte posterior de la cabeza.

Lü et al., quienes describieron y nombraron a Shenzhoupterus en 2008, llevaron a cabo un análisis filogenético y hallaron que su nuevo género formaba un clado de azdarcoides con Chaoyangopterus, Eoazhdarcho, Eopteranodon y Jidapterus, el cual ellos nombraron Chaoyangopteridae.