En 1988, Wayans hizo su debut en I’m Gonna Get You Sucka, producida y dirigida por su hermano Keenen.

Más tarde se convirtió en actor principal del show, trabajando con sus hermanos Dwayne, Keenen (el creador del show), Damon, Marlon y su hermana Kim.

En 1996 fue coguionista y coproductor ejecutivo y protagonizó la película Don't Be a Menace to South Central While Drinking Your Juice in the Hood, en el cual también actuaba Keenen.

Wayans fue estrella invitada en episodios de MacGyver y Hangin’ with Mr.

Pero luego coprotagonizó con su hermano Marlon en la exitosa película Scary Movie (1999-2000), dirigida por su hermano mayor Keenan (y que Shawn también coescribió), una sátira de las películas de terror al estilo Scream.