Jugó en la Universidad de Alabama, donde cosechó numerosos éxitos estando a punto de ganar el Trofeo Heisman en su última temporada si no hubiera sido por una lesión que le impidió jugar varios partidos.
Al ser senior, fue elegible para el draft del año 2000, donde fue escogido por los Seattle Seahawks en la 19.ª elección de la primera ronda.
Ese mismo año Shaun lideró a los Seahawks llevándoles al primer Super Bowl de su historia el cual perderían ante los Pittsburgh Steelers, gracias a una gran actuación en el Juego de Campeonato de la NFC contra los Carolina Panthers corriendo para 132 yardas y anotando 2 touchdowns.
Ya en el año 2006, después de firmar el contrato más alto para un running back, se lesionó en la jornada 3, reapareciendo en la jornada 10, lo que ha evitado que Shaun pudiera batir su récord de touchdowns.
Este año los Seahawks se han quedado a las puertas del Juego de campeonato de la NFC, tras perder en Chicago ante los Bears 24-21 en la prórroga, partido en el que Alexander tiró del carro de su equipo realizando un gran partido corriendo para 108 yardas y 2 touchdowns.