Está situada en la orilla derecha del río Vaga y a 300 kilómetros al sur de Arcángel.
Iván el Terrible se refiere a este lugar como la ciudad de Vaga y lo incorpora en su opríchnina.
En esta época, había una fortaleza y una residencia para el obispo local.
Teodoro I de Rusia cedió Shenkursk a su cuñado, Borís Godunov, que la legó a su propio yerno, Johan de Schleswig-Holstein.
Los Románov presentaron el distrito al príncipe Dmitri Troubetskoy como su vótchina.