No pertenece a la Federación Internacional de Fútbol Asociación (FIFA), ni a la Confederación Sudamericana de Fútbol (Conmebol), pero desde 2010, está reconocida y afiliada por el Consejo Sudamericano de Nuevas Federaciones (Cosanff).

[1]​ Producto a esa afiliación, la «Liga de fútbol de Juan Fernández» puede disputar más partidos de ese deporte y obtener ayudas y beneficios para el desarrollo del mismo.

A la fecha, solo ha disputado cuatro partidos oficiales, dos contra selección de Rapa Nui y dos contra la selección del pueblo Aimaras.

Asimismo, obtuvo la Copa CSANF de la edición 2011, tras empatar por el marcador de 1:1 con la selección Aimara y, tras empatar también en la prórroga, vencer en los penales por 4-3.

[3]​ El partido fue transmitido a todo el país a través del canal de pago TNT Sports, siendo el primer y, hasta la fecha, único partido de la selección transmitido por televisión.