Cada liga jugó los torneos Apertura 2015 y Clausura 2016 por separado.

La Liga Premier contó además con la inclusión de filiales de los 18 equipos de la Liga Bancomer MX, sin tener derecho a ascenso.

El campeón del torneo Apertura 2015, Potros UAEM, jugó contra el campeón del torneo Clausura 2016, Tampico Madero, para así poder determinar quien ascendería a la Liga de Ascenso.

El campeón del torneo Apertura 2015, Correcaminos UAT, jugó contra el campeón del torneo Clausura 2016, Real Zamora, para así poder determinar quien ascendería a la Liga Premier de Ascenso.

La Final de Ascenso se llevó a cabo en dos encuentros, un partido de ida y un partido de vuelta.