Dependía del Poder Ejecutivo inicialmente por intermedio del Ministerio de Economía (entre 1976 y 1981) y luego del Ministerio de Comercio e Intereses Marítimos (en 1981) para volver a depender del primero hasta 1983.
Su función era la de «asesorar al Ministerio de Economía en todo lo concerniente a la formulación de políticas, promoción, investigación, explotación, desarrollo, fiscalización y régimen de las actividades vinculadas a los intereses marítimos, con intervención del Ministerio de Defensa — Comando General de la Armada, en los aspectos relacionados con la Defensa Nacional» (Decreto N.º 520, Artículo 5.º).
[2] Intereses Marítimos pasó a ser una subsecretaría integrante de la nueva cartera ministerial (Decreto N.º 42).
[5] Por el Decreto N.º 15 del presidente Alfonsín, dictado el 10 de diciembre de 1983 y publicado cuatro días más tarde, se reordenó el gabinete y la Secretaría de Intereses Marítimos quedó disuelta.
[6] En materia de pesca y recursos marítimos, la secretaría fue sucedida por una Secretaría de Recursos Marítimos, junto a una subsecretaría del mismo nombre, cuyas funciones fueron definidas por el Decreto N.º 134.