Fue creada en julio de 2024 durante la presidencia de Javier Milei para reemplazar a la disuelta Agencia Federal de Inteligencia (AFI) y para reorganizar y modernizar al SIN en un marco institucional[1]​[2]​[3]​[4]​[5]​ El decreto que establece su creación habla acerca del deterioro del Sistema de Inteligencia Nacional que vuelve vulnerable a la República Argentina frente a amenazas y hace mención a los atentados terroristas contra la Embajada de Israel y la AMIA, la muerte no esclarecida del fiscal Alberto Nisman y el intento de asesinato a Cristina Fernández de Kirchner.

Mediante el DNU 656/24, el Poder Ejecutivo asignó fondos reservados para el organismo por un total de 100 mil millones de pesos.

[9]​[10]​ Tras las polémicas elecciones de Venezuela, Nicolás Maduro denunció que el gobierno de Argentina financió, con fondos de la SIDE, supuestos ataques cibernéticos masivos contra Venezuela.

[11]​[12]​ Es dirigida por un secretario el cual dispone del rango y jerarquía de un ministro y es designado por el presidente de la Nación.

Desde su creación, dentro del ámbito de la SIDE existen 4 organismos desconcentrados los cuales cuentan con una autonomía técnica-funcional, pero son controlados y coordinados por la SIDE: La SIDE también posee la Escuela Nacional de Inteligencia (ENI), institución donde se forman a los aspirantes y a los agentes de la secretaría, a través de cursos permanentes y obligatorios.