Si bien estaba previsto originalmente que el arco se tratara de una publicación bimestral, enfrentó grandes retrasos.
Esos arcos argumentales recibieron su propio sucesor espiritual en Beyond!, que fue publicada en 2006.
Fury recluta a Capitán América, Spider-Man, Daredevil, Viuda Negra, Luke Cage, Wolverine y la agente superhumana de S.H.I.E.L.D.
The Pulse #6–9 presentó un arco argumental original que corría en paralelo y se cruzaba con la serie principal (la idea era que durara cinco números, pero cuando los dos últimos números de la miniserie se retrasaron, Bendis optó por eliminar parte del contenido del enlace en lugar de revelar información sobre el evento principal).
Este arco argumental se recopiló por separado en su propia edición de bolsillo (The Pulse Volumen 2: Secret War).
La historia del videojuego Marvel: Ultimate Alliance 2 comienza con los eventos descritos en Secret War.
Empieza desde el ataque al castillo Doom y hasta la derrota de Lucia Von Barda, aunque hay diferencias claves.
Los trajes de Wolverine, Luke Cage y Daredevil en Secret War aparecen como uniformes alternativos.