La disciplina pasó por muchos avatares, estuvo cerrada un tiempo, hasta que renació nuevamente en 1964 con mucha fuerza, proporcionando algunos éxitos a la entidad en campeonatos regionales y plusmarcas españolas durante los años sesenta.
El recinto dedicado a la sección se encontraban en lo que ahora es el centro comercial "La Esquina del Bernabéu", colindante al Estadio Santiago Bernabéu, y antiguamente denominado como Campo de deportes del Real Madrid Club de Fútbol donde el club albergaba diferentes instalaciones para sus múltiples secciones deportivas.
Tras su desaparición, el club construyó a comienzos de los años 60 un nuevo complejo deportivo denominado Ciudad Deportiva donde reunió todas y cada una de las secciones existentes del club,[4] que posibilitó el renacer de la sección, y dando paso a su época más gloriosa en donde conquistó varios campeonatos regionales y varias plusmarcas nacionales.
[5]En el citado nuevo complejo se inauguraron en septiembre de 1968 dos piscinas olímpicas que sin duda impulsaron a la sección madrileña.
[6] Sus nadadores más destacados de esta última etapa fueron Guillermo y Antonio Fernández, Ángel Cacho, Luis Dueñas, Juan Mena, J. M. Viudez, Emilio Álvarez, Miguel Trullen y Miguel Castiñeira.