[2]​ El 9 de marzo de 2016 volvió a jugar por la Copa Colombia, nuevamente frente al Deportes Quindío, en el empate a dos goles, ingresando al minuto 82 por Avimiled Rivas.

[cita requerida] Su primer gol como profesional lo hizo el 27 de abril, ganando 3 a 1 en casa del Deportes Quindío por la Copa Colombia 2017.

Así consiguió su segunda estrella el elenco «pijao», siendo Villa la gran revelación del torneo.

Debutó oficialmente en la victoria 6-0 por los 32avos de Copa Argentina frente a Alvarado, en donde ingresó en el segundo tiempo reemplazando a Cristian Pavón y, si bien no convirtió, forzó el penal que estampó el 6-0 definitivo.

[cita requerida] Su primer gol oficial lo marcó el 2 de septiembre en la victoria contra Vélez Sarsfield por la fecha 4, colocando el 3-0 definitivo.

El 7 de octubre, Villa empató el juego frente a Racing Club marcando el 2-2 en Avellaneda, partido que su equipo comenzaría perdiendo 2-0.

[9]​ Un mes después marcaría su primer gol en el triunfo 2-0 sobre el PFC Cherno More Varna.

El 27 de julio marcó su primer gol con el club mendocino, dándole la victoria a su equipo sobre Independiente.

[23]​[24]​ Boca Juniors decidió separarlo de las convocatorias del plantel profesional pero no le rescindió el contrato.