Actualmente se ubica séptimo en la tabla histórica de máximos goleadores del Campeonato Uruguayo con 115 goles.

Juan Diego Tchakidjian llegó en 2004 a las inferiores del Club Sportivo Miramar Misiones de Uruguay, donde debutó oficialmente en primera.

Arrancado el Clausura 2009 en la Argentina, con la ida del entrenador Jorge Burruchaga y la llegada de Julio César Falcioni, "Papelito" se asentó en el equipo titular, compartiendo la delantera con su compatriota uruguayo, Santiago Silva.

En agosto de 2010 el delantero internacional uruguayo con pasaporte español,[1]​ firmó un contrato que lo vincularía con el Málaga por 4 temporadas.

Fernández, es un delantero muy hábil con la pelota en los pies, que destaca por su incansable presión y veloz desmarque.