La cabecera polígonal, cubierta con cuarto de esfera avenerada sobre trompas es del siglo XVI, típicamente renacentista modelo muy original para Cantabria en esa época.
En 1892 el arquitecto Alfredo de la Escalera inspeccionó el edificio para su restauración: la bóveda, cubiertas y torre estaban en mal estado.
Actualmente alberga un retablo de nueva construcción dedicado a la Virgen del Pilar.
En su muro frontal hay una inscripción sobre la que se encuentra un escudo con las armas de las familias: Peredo, Agüero y Sota.
Esta capilla tiene un retablo rocoso de la segunda mitad del siglo XVIII.
Se abre mediante arco escarzano que alberga un escudo en su clave del Arzobispado de Burgos, con dovelas y enjutas decoradas, esta rematado con una balaustrada.