Su nombre es en honor a Pedro el Apostol, santo de la iglesia católica.

San Pedro está situado en la parte sur del departamento de Copán en el extremo oriental del Valle de Cucuyagua, sobre el Río Catapa.

En 1836, San Pedro era una aldea de Cucuyagua y se llamaba "Llano Grande".

Acto que oficializó la Gobernación Política como delgada del Poder Central y cuyo terreno fue desmembrado del Municipio de Cucuyagua.

En 1888 (1 de enero), se inauguró, celebrando sesión, la primera municipalidad que debería regir sus destinos; siendo los primeros funcionarios ediles: En 1926 (19 de enero), se traslada a San Pedro, la cabecera del Distrito de Cucuyagua.