San Juan Bautista Lo de Soto se localiza en las coordenadas 90° 20’ 50’’ longitud oeste, 16° 30’ 35’’ latitud norte y a una altitud de 75 metros sobre el nivel del mar.

La distancia aproximada a la capital del estado es de 453 kilómetros.

Cuenta con el arroyo Liro, que nace en la brecha Soto-El Quiza y desemboca en el río Cortijo.

Al poniente se encuentra el arroyo El Limón que desemboca en el mismo río.

El clima es el cálido-húmedo, con una temperatura media de 27.2 °C y una precipitación pluvial del 1041.2 milímetros anuales.