Los primeros pobladores hablaban el mixteco como lengua principal , quienes se cree alrededor del año 1500 d.c se establecieron en un lugar conocido actualmente como "La Iglesia Vieja" lo que pudo ser una capilla provisional, ubicado en Rancho Frontera que es adyacente al San José Chichihualtepec y que se encuentra a aproximadamente a 3 km de distancia.
A principios del año 1700 llega una segunda tribu , quienes consideraron un lugar apropiado para establecerse al observar que existían lomas despejadas, pocos árboles, y abundantes pastizales, y con un gran río al norte y sur (actualmente existente), observando que era lo que buscaban para criar su ganado.Posterior a su arribo construyeron una cruz como punto para establecerse.
Posteriormente con la buena reproducción del ganado y su rápido crecimiento económico este poblado por un cierto tiempo se llamó "La Rica Chihihualtepec.
Anteriormente en lo que hoy es el perímetro del templo , fue un cementerio, aunque actualmente ya no se usa con este fin.
También se encuentran diversos árboles y plantas tales como matorrales, cactáceos, ciruelos, huajes etc. Mamíferos Mapache Procyon lotor Armadillo Dasypus novemcinctus gato montés Lynux rufus venado cola blanca Odocoileus virginianus Coyote Canis latrans Zorra Urocyon cinereoargenteus Tejón Nasua narica Zorrillo Mephitis macroura Conejo Silvilagus cunicularis Liebre Lepus callotis Ardilla Sciurus aereogaster 'Aves' Coragyps atratus zopilote común Aquila chrysaetos águila real Caracara plancus caracara quebrantahuesos Falco mexicanus halcón mexicano Ortalis vetula chachalaca vetula Callipepla squamata codorniz escamosa Zenaida asiatica paloma alablanca Zenaida macroura paloma huilota Columbina passerina tórtola coquita Columbina minuta tórtola pecholiso Leptotila verreauxi paloma arroyera Otus seductus tecolote del Balsas Bubo virginianus búho cornudo laucidium gnoma tecolote serrano Glaucidium griseiceps tecolote mesoamericano Asio flammeus búho cuerno corto Aegolius acadicus tecolote afilador Aegolius ridgwayi tecolote canelo Florisuga mellivora colibrí nuca blanca Colibri thalassinus colibrí oreja violeta Anthracothorax prevostii colibrí garganta negra 'Reptiles' Crotalus ssp víbora de cascabel correlona Micruroides euryxanthus euryxanthus coralillo Elaphe ssp ratoneras Ctenosaura pectinata Iguana negra Museo Comunitario Yukuni i, forma parte de La Unión de Museos Comunitarios de Oaxaca,AC[4] la cual es una agrupación de catorce comunidades indígenas y mestizas del Estado de Oaxaca que han fundado museos comunitarios.
Se enlistan a Continuación -Museo comunitario" Shan-Dany"Bajo el Cerro) Santa Ana del Valle Tlacolula.
-Museo comunitario"Jna Niingui"(Cerro del gran Caracol) San Miguel Tequixtepec, Coixtlahuaca.
Existen diversos sitios arqueológicos que se encuentran en la cercanía de la población.
El museo originalmente establecido en la planta baja del actual Kiosko comunitario, fue el primer inmueble que albergó al museo , el cual fue establecido gracias a la colaboración de la comunidad quien proporcionó las piezas arqueológicas halladas en distintos puntos de San José Chihihualtepec.
En 1974, año en el que fue terminada la escuela primaria "Benito Juárez", el antiguo inmueble fue destinado a salón de acuerdos para la comunidad.
[cita requerida] Posee el cerro Resumbón: llamado así porque en ocasiones imprevistas llega a retumbar.