San Francisco en oración es un óleo de Caravaggio, realizado hacia 1604.
Se exhibe en la Galería Nacional de Arte Antiguo, Roma.
La pintura no ha sido estudiada, por lo que es difícil distinguirla de copias posteriores, e incluso se dificulta evaluarla.
John Gash afirma que existen tres copias: una en la Chiesa dei Capuccini (Florencia), otra en la Iglesia de San Pedro (Venecia) y una más en un oratorio de Madrid.
Peter Robb cree que los cuadros sobre San Francisco forman un trío, junto a los de San Agustín y Juan Bautista.