Es uno de los municipios que conforman las islas Camotes.

Ambas islas forman parte del grupo de las islas Camotes en el mar de Camotes (que también incluye la isla Poro y la isla Ponson).

Fue construida durante la época española, para unir las islas y facilitar el comercio y los servicios en la iglesia de Poro.

Hacia comienzos del siglo XX, el lugar, ya por entonces perteneciente a la provincia de Cebú, tenía contabilizada una población de 5182 habitantes.

[3]​ En 2020, el municipio de San Francisco tenía censados 59 236 habitantes.