En esa temporada no solo lograron clasificar a los playoffs, sino que también jugaron en la US Open Cup, eliminados en la segunda ronda por el Utah Blitzz.

Luego de una mala temporada en el 2003, en 2004 lograron clasificar a los playoffs por segunda ocasión, donde al final fueron eliminados por el Southern California Seahorses.

También clasificaron a la US Open Cup, donde lamentablemente fueron eliminados por el Boulder Rapids Reserve en la segunda ronda.

El equipo se unió a la USL Premier Development League para el año 2005, donde su primera temporada fue bastante mala, ya que solo ganaron un partido, ante el Nevada Wonders en julio, además de perder puntos en la mesa por alinear jugadores inelegibles para los partidos.

La temporada 2006 no fue tan diferente y ese año el club fue vendido a nuevos dueños, los cuales decidieron desaparecer al equipo para concentrarse en el equipo de fútbol femenil San Diego Gauchos Women, el cual cambiarían su nombre por el de San Diego Sunwaves.