En la temporada 98/99 Louis van Gaal por entonces entrenador del primer equipo, decide darle la oportunidad a Okunowo en el F.C.
Esa misma temporada Okunowo disputó 3 partidos de Champions League en los que el F.C.
Barcelona se enfrentó a Brøndby IF, Bayern Múnich y Manchester United aunque el club no consiguió clasificarse para la siguiente fase al quedar tercero en el Grupo D. Samuel Okunowo, la joven promesa fichada por el F.C.
Barcelona tuvo una suerte dispar en distintos equipos en los que ha militado después de su paso por la entidad culé.
Su progresión futbolística se estancó, algunos analistas opinan que por la falta de continuidad y esta situación se puede apreciar en que no volvió a ser llamado por su selección nacional a partir de 2001.
En 2010 juega en el Waltham Forest F.C., un equipo que milita en la Ryman Division 1 North (algo así como la 7ª división del fútbol británico) El fichaje del futbolista nigeriano por este equipo supuso una gran expectación por parte de los aficionados del club, pues es el primer jugador con experiencia internacional del club (8 veces internacional con Nigeria en categoría absoluta) y con experiencia en el fútbol profesional como atestigua el título de liga de su etapa en el F.C.
Cabe señalar que en la primera edición de la Meridian Cup disputada en 1997 en Lisboa, Samuel Okunowo formó parte del combinado titular de Nigeria que quedó campeón ganando a España 3 a 2 en la final.