Joaquín Flores dedicó casi toda su vida al grupo religioso de su padre.

[6]​ En febrero de 2020 fue presentada una demanda federal en los Estados Unidos contra la Iglesia La Luz del Mundo y Samuel Joaquín Flores y su hijo, el ya condenado por otros tres cargos de abuso sexual a menores, Naasón Joaquín García que alega que Samuel y su hijo abusaron sexualmente de una niña del sur de California con regularidad desde que tenía doce años hasta que cumplió los dieciocho.

[7]​ En mayo de 2008, se hizo público que Samuel Joaquín Flores compró un zoológico con animales exóticos llamado Silver Wolf Ranch en las afueras de Seguin, Texas, que mantenía cerrado al público.

Las comunidades locales criticaron a Samuel por negarle acceso al público, dado que «las leyes federales de EE. UU.

requieren que las organizaciones exentas de impuestos promuevan activamente su propósito para el beneficio al público, y no para su riqueza personal».