Se mantuvo en la Corte gracias a la protección del ministro José Patiño, quien, lector y admirador de su Sistema político de la Europa, publicado anónimamente, mandó buscarlo e identificarlo y le dio el empleo de Visitador de las fábricas de Madrid y sus cercanías y un moderado sueldo entre los quinientos y seiscientos ducados, gracias al cual pudo dedicarse a la escritura.

Leyendo las obras de Feijoo y criticándolas en la Tertulia de la Biblioteca Real, decidió impugnar sus errores más seriamente escribiendo un Antiteatro Crítico que empezó a salir a principios de 1729, tres años después de publicado el primer tomo del Teatro; Mañer demostró en esta labor gran erudición.

Feijoo contestó con su Ilustración Apologética; en 1731 publicó Mañer su impugnación al tercer tomo del Teatro Crítico, y la Réplica satisfactoria a la Ilustración Apologética, pretendiendo notar a su adversario nada menos que novecientos noventa y ocho errores a cambio de los cuatrocientos que había hallado a su vez Feijoo en el Antiteatro.

En 1734 publicó Mañer su Crisol Crítico, replicando en dos tomos a la Demostración Crítica que escribió el padre Martín Sarmiento en defensa de su compañero de orden benedictino.

Escribió además biografías, como la del aventurero Ripperdá, y empleó a veces los pseudónimos de M. Le Margne y Álvaro Menards.