Es una cuencas endorreica y altiplánicas, una de las más extensas desarrolladas entre Chile y Argentina.

El salar está ubicado sobre la línea recta que define el límite internacional de norte a sur en la Puna de Atacama.

Luis Risopatrón describe algunos de sus cuerpos de agua de la siguiente manera:[1]​ La cuenca drena de oeste a este en Chile y forma las lagunas Guachalajte, de Mucar y de Pampa Cien (o Ciénaga) en los bajos que están casi alineadas a la frontera en toda su extensión longitudinal.

En Argentina el patrón de flujos se orienta en su mayoría de norte a sur.

También se encuentran otras lagunas menores al sureste del salar de Jama, alimentadas por afluentes que provienen principalmente del lado argentino.