En febrero del 2013, se anuncia mediante la revista KeroKero Ace, la producción de una segunda temporada, este nuevo arco está titulado Saint Seiya Ω: New Cloth Chapter (聖闘士星矢Ω: 新生聖衣編（セイントセイヤオメガ: ニュークロスへん）, Seinto Seiya Omega Nyū Kurosu Hen?)

), contará con nuevo opening y por primera vez una banda de rock femenino llamada Cyntia.

Al llegar al santuario se dará cuenta de que este ha sido invadido por el maligno dios de la Guerra y lo han nombrado el nuevo Patriarca del santuario.

A inicios del 2012, se habían realizado muchos rumores en internet sobre la producción de un nuevo anime relacionado con Saint Seiya.

Según Toei, este proyecto estaba gestándose desde al año 2010 y en ese momento, le pidieron a Araki que se encargara de crear a los personajes que conformarían la serie.

[15]​[16]​ La historia comienza con Saori Kido y con un pequeño bebé llamado Kōga quien cuando creciera heredaría la armadura de Pegaso.

En este lugar es en donde se hacían los combates de entrenamiento para mejorar técnicas elementales o para resolver riñas y/o disputas personales, claro siempre y cuando este algún maestro como supervisor ya que una de las reglas primordiales de Palestra es "las peleas entre santos esta totalmente prohibida, cualquier pelea clandestina será considerada como traición".

La confusión implica la posibilidad de volver a aprender y el hombre debe ir en ese camino hasta encontrar la claridad que le haga superar el odio y la confrontación.

Solo así podrá superar la confusión y aprender un nuevo idioma que lo identifique con el prójimo.

La Torre de Babel en Saint Seiya Ω fue construida en las ruinas del Santuario luego de que Mars forzará a la nueva Atenea, Aria, a destruir el Santuario.

En este lugar Ludwig, un hombre político, honesto y justo, de carácter formal, de gran porte y aristócrata, vivió con su primera esposa y madre de la pequeña Sonia, de nombre Misha, la feliz pareja acordaron juntos en ir al teatro, Misha llega primero y luego de esperar un buen tiempo por su esposo, ella decide entrar pero un atentado político en la que varias personas mueren en una explosión y entre esas personas se encontraba Misha, Ludwig al ver la explosión decide recurrir a la venganza y matar con sus propias manos a los responsables del atentado, Ludwig obsesionado por "limpiar el mundo" es poseído por el Dios Mars que según su ideología la corrupción de la humanidad se debía a Atenea.

La primera casa es la de Kiki de Aries, antiguo discípulo de Mu de Aries, el cual retiene a los santos para repararles las armaduras debido a las últimas batallas que tuvieron, Kiki enciende los fuegos avisándoles que solo tienen doce horas para atravesar las doce casa, Kōga es el primero en repararle su armadura, dejándola como nueva para luego seguir hacia la siguiente casa, los demás intentan seguirlo pero Kiki les bloquea el camino para comenzar a repararle sus armaduras.

La tercera casa es la de Paradox de Géminis, la primera mujer en ser un santo dorado, Ryūhō es teletransportado hasta ese lugar, una vez que se adentra es sorprendido por Paradox, el santo dorado femenino habla con Ryūhō diciéndole su admiración hacia su padre Shiryū y le pide que se una a la causa de Mars, Ryūhō se niega y empieza la batalla, Ryūhō intenta golpearla pero Paradox esquiva sus golpes muy fácilmente, el santo dorado femenino sorprende a Ryūhō cuando lo ataca con la técnica Dragón Naciente, dejando a Ryūhō en el suelo pero luego se levanta, hace arder su cosmos y ambos se atacan con Dragón Naciente y esta vez Ryūhō gana pero Paradox revela poseer la personalidad múltiple y golpea brutalmente a Ryūhō dejándolo inconsciente, Ryūhō despierta y se encuentra cara a cara con Paradox, ella se prepara para atacar pero en Kōga llega atacando a Paradox, ella se defiende fácilmente y en medio de la pelea aparece la segunda personalidad de Paradox, llamándose así misma Paradox del Odio y con una fuerza brutal ataca a Kōga pero Ryūhō se lo impide y es entonces que Paradox ataca a Ryūhō regresando a su personalidad normal, el santo dorado usando su técnica Espejismo de la Encrucijada y le muestra a Ryūhō como fue su pasado, él la cuestiona acerca de sus acciones y Paradox molesta empieza a odiar a Ryūhō apareciendo su personalidad maligna, ataca al santo de dragón con su Destino Final y Ryūhō es despojado de sus cinco sentidos, en medio de su total oscuridad es el cosmos de Kōga que hace que Ryūhō despertará su séptimo sentido y causándole problemas al santo de Géminis la cual estaba confundida con sus dos personalidades al mismo tiempo, para que al final Paradox cayera al suelo ante la técnica de Ryūhō llamada Cien Dragones de Rozan y, así Kōga y Ryūhō avanzan a la siguiente casa pero Paradox recupera el conocimiento de inmediato y deja que los santos de bronce salgan de su casa.

La siguiente casa es la de Virgo, los jóvenes santos de bronce se reúnen finalmente pero cuando llegan a la casa de virgo son obligados a entrar en ella, allí Fudō de Virgo sin siquiera vestir su cloth dorada posee un cosmos excepcional, pelea con los ojos cerrados y para más es la reencarnación del una Deidad llamada Fudō Myō-ō, Haruto y Sōma atacan primero con sus mejores técnicas pero Fudō se protege con la técnica Ōm y con esa misma técnica los estrella contra el suelo pero estos se levantan y vuelven al ataque con una técnica combinada pero pasa lo mismo, Yuna y Ryūhō que han despertado el séptimo sentido también lo atacan pero solo logran desfigurar el campo de energía del santo dorado, Kōga intenta atacar con Meteoro de Pegaso pero sus golpes son devueltos por Fudō, este usa su técnica Condena Mundana, una cuerda sagrada aparece y los amarra brutalmente de pies a cabeza luego usando su cosmos hace que las cuerdas ardan como el fuego con su técnica Liberación del Samsara, los santos de bronce recuerdan el porqué de su lucha, se levantan mientras que van elevando todavía más su cosmos y rompen las cuerdas que los ataban, Fudō abre los ojos y con lágrimas también entiende los ideales por los que ellos pelean y decide poner a prueba sus ideales, invocando su cloth de Virgo y su cosmos se vuelve abrumador, el santo de Virgo ataca con Descensión del Iluminado elevando a sus enemigos al aire y apareciendo detrás de Fudō, los Cinco Reyes de la Sabiduría y, ahí mismo ataca con Kān para que esos reyes disparen rayos de cosmos en forma de lanza incrustándose en los corazones de los santos de bronce, estos a duras penas se pueden mover entonces Fudō decide poner fin a sus vidas lanzándoles la Rendición del Demonio pero son salvados por Eden que llega para pelear contra Fudō mientras que el fuego de Leo se consume.

y Eden le responde que lo hace porque se siente culpable que siendo tan fuerte no pudo proteger a Aria, Kōga le recrimina diciéndole que es muy tarde para arrepentimientos pero Eden ataca a los jóvenes caballeros y los expulsan de la casa de Virgo quedándose él solo contra Fudō y ambos reanudan la batalla, Fudō lo ataca con Sabiduría del Iluminado una poderosa técnica que estrella a Eden contra el suelo a tal punto que crea un enorme cráter pero este se levanta y empieza a recordar los momentos que paso junto a Aria y, gracias a eso Eden despierta el séptimo sentido pero Fudō responde al cosmos de Eden elevando el suyo al máximo y lo vuelve a atacar con Sabiduría del Iluminado pero Eden neutraliza tan poderosa técnica con Orión Devastador quedando Fudō herido y este se rinde ya que logró comprender las acciones por las cuales Eden pelea y, lo deja cruzar por la casa de Virgo.

En el Templo del Patriarca, Kōga vuelve a verse las caras con Mars y exige que le entregue a Atenea atacándolo con Meteoro de Pegaso pero el Dios Mars lo detiene con una sola mano, este ataca con Estrella Roja de Gungnir dejando a Kōga contra el suelo inconsciente y a punto de darle la estocada final Eden llega y ataca a su padre, tras contarles su pasado, la máscara de Mars se rompe, dejando así su rostro al descubierto, Edén comenta que ya no es un mortal sino el poderoso Dios de la Guerra, Mars se enfrenta a Edén pidiéndole a Kōga que vaya en busca del Báculo de Aria, que está mandando el cosmos de la Tierra al planeta Marte, por lo cual Kōga se apresurara a llegar pero no puede quitarlo en la sima porque el poder de oscuridad de Mars lo impide, Edén le dice a Mars que no es su padre si no su enemigo, Mars no puede creer lo que escuchó por boca de su hijo y derrota a Edén apretándolo entre sus brazos, posteriormente se dirigió a la cima de las doce casas donde se encuentra el Báculo de Aria, Mars confronta a Kōga donde el Dios demuestra su superioridad ante el Santo de Pegaso lanzándolo del campo de batalla pero Kōga es salvado por Edén quien seguía vivo, ambos santos deciden pelear juntos contra Mars pero nuevamente la superioridad del dios de la guerra se hace notar, aun así los jóvenes santos se vuelven a levantar para enfrentarse al Dios, Mars atravesó a su hijo y Edén sonriente le dice que él con eso se irá de su lado al igual que Aria y que su hermana Sonia, así como también lo fue su esposa, es entonces cuando Mars comienza a recordar su vida como Ludwig antes de despertar como un Dios, en esa distracción Edén le dice a Kōga que ataque a Mars el cual lo hace nuevamente con el Cometa de Pegaso, el cual al fin no es devuelto hacia él, logrando así derrotar a la oscuridad presente en Mars, según palabras del relator, logrando aniquilar por completo al Dios de la Guerra pero de repente Mars se pone en pie y es Ludwig quien ya sin el espíritu de Mars, reflejado en su rostro una vez más se levanta y camina con paso accidentado, con la intención de ayudar a defender el mundo que Aria y Edén querían defender, Ludwig con la idea de retirar el báculo de Aria para salvar el planeta, tras pedirle perdón a su hijo cae un rayo rojo del cielo que fue enviado por Medea matándolo en el lugar, dejando así su cuerpo inerte en el suelo y último fuego, el de Piscis se extingue luego Medea aparece y sin mostrar mucho remordimiento le quita la oscuridad de su cloth para dárselo a Amor de Piscis su hermano, Medea se teletransporta al planeta Marte mientras que los demás jóvenes santos llegan al Templo del Patriarca y en medio del apocalipsis Amor ahora todavía más poderoso da una última pelea contra los santos de bronce y ahí Amor con su cosmos de oscuridad, lucha contra Edén y Kōga para luego ser transportados a Marte mientras que los otros santos dorados tienen planeado transportar a los jóvenes santos a Marte usando sus cosmos.

En dicha feria, Toei negoció la venta de sus nuevas series a muchas distribuidoras internacionales, entre ellas, destacan Toriko, las franquicia Pretty Cure y Saint Seiya Omega.

[25]​ En diciembre de 2012 Toei Animation vuelve el fantasma de la mala calidad con la nueva administración con la serie Saint Seiya Ω se mandó a doblar al polémico Estudio Bond, y debido al bajo presupuesto, Jesús Barrero voz de Seiya no participara en el doblaje, esto molesto mucho a los fanáticos, prediciendo un nuevo fracaso para Toei con la nueva serie, y ya se han prometido realizar boicots a esta prefiriendo el material subtitulado por sobre el material original de Toei Animation Inc.

Finalmente tras el movimiento de los fanes en las redes sociales y las protestas para así evitar otro fracaso como ocurrió con Dragon Ball Z Kai, Toei Animation Inc.

Se espera que con este ligero aumento en el presupuesto se puedan traer también al resto de los caballeros de bronce originales para sus participaciones, también regresaron María Fernanda Morales como Saori (Athena) Maru Guerrero como Shaina y Daniel Abundis como Kiki e Ichi de Hidra.

En agosto se sabe que el nombre de este juego será Saint Seiya Ω - Ultimate Cosmos[27]​ y estará disponible para PSP.

En la Kerokero Ace (Kadokawa Shoten), El nuevo contenido de la serie, actualmente siendo transmitida, comenzó en abril junto a los últimos capítulos del anime.

Saint Seiya Ω se estrenó en televisoras niponas el domingo 1 de abril del 2012 en TV Asahi a las 6:30a.m.

(hora Tokio), y desde entonces, se estrena cada episodio los días domingo al horario anteriormente mencionado.

Sin embargo, criticó del diseño que este tuviera una apariencia "infantil" «pero viéndolo desde el punto de vista de un fan viejo, ya desde la visión de un niño o un futuro fan, no le es tan aterrador», por lo que la página concluye «no juzgar de antemano y esperar a que fluya para saber la verdad del universo», en referencia a los futuros episodios.

Además, aclaró que al basarse de una serie tan clásica y popular como lo fue Saint Seiya, considera natural que haya dos bandos de opiniones sobre la nueva serie; «O te gusta o la odias, y no hay más».