Saint-Jean-de-Tholome es una comuna y localidad francesa situada en la región Ródano-Alpes, en el departamento de Alta Saboya, en el distrito de Bonneville.
La comuna está situada en la vertiente oeste del Pied du Môle, a 14 km de Bonneville y a veinte de Annemasse.
Se ubica a los pies de los Alpes cerca de la frontera con Suiza.