Saint-Genis-Pouilly es una comuna francesa del departamento de Ain, en la región de Auvernia-Ródano-Alpes.
Es la cabecera y mayor población del cantón de su nombre.
Pertenece a la comunidad de comunas del Pays de Gex.
Está fronteriza con Suiza, a 16 km al oeste de Ginebra.
En esta ciudad se encuentra el Experimento ALICE, uno de los detectores del Gran Colisionador de Hadrones, operado por la Organización Europea para la Investigación Nuclear (conocida por las siglas CERN).