[13] Junto con guardaparques del Parque Nacional Galápagos y la Unidad de Protección Ambiental de la Policía del Ecuador se realizan revisiones al equipaje y la carga que sale e ingresa a las islas para evitar que ingresen productos no permitidos y se trafique vida silvestre.
Previo a cada aterrizaje y despegue de los aviones, el personal de ECOGAL con guardaparques del Parque Nacional Galápagos y la Policía recorren la pista del aeropuerto y los jardines para verificar que no existan iguanas en esas zonas.Según el Parque Nacional Galápagos, en la isla Baltra habitan 2.462 iguanas terrestres; algunas de ellas buscan la pista para calentarse con el sol o hacer sus madrigueras cerca.
Si se encuentran iguanas, estas son retiradas por personal calificado para ser llevadas a lugares seguros, tanto para ellas como para evitar incidentes.
Esta terminal aérea, calificada como el Primer Aeropuerto Ecológico del Mundo presenta una lista de reconocimientos.
Mantiene programas ambientales con vario socios como la Fundación Circular,[17] la empresa Ithchion[18] y para temas de Responsabilidad Social, ejecuta iniciativas con CERES Ecuador.